中国公民运动网报道：2019年7月29日，四川省绵阳市中级法院对黄琦“故意泄露国家秘密、为境外非法提供国家秘密”进行宣判，认定黄琦故意泄露国家秘密罪成立，判处有期徒刑三年，认定黄琦为境外非法提供国家秘密罪成立，判处有期徒刑十一年，黄琦被合并判处有期徒刑十二年，剥夺政治权利四年，没收个人财产二万元人民币。
绵阳市中级法院在官网上称对黄琦案公开宣判，然而事实是，黄琦案自不公开庭审后，外界再无黄琦的任何消息，不仅黄琦的两任代理律师在代理此案期间被吊销律师执业证，新委托的辩护律师再无会见黄琦的可能。
黄琦在被羁押期间，多次遭受刑讯逼供、逼其认罪，重病得不到应的治疗。2019年1月14日，绵阳市中级法院对黄琦涉嫌“泄露国家秘密罪”和涉嫌“为境外非法提供国家机密罪”一案秘密庭审，各国驻成都领事馆外交官要求参加旁听被阻拦，四川当地维权人士被限制人身自由，各地赶往绵阳声援的维权人士被拦截关押，黄琦的代理律师刘正清被吊销律师执业证，85岁的老母亲再次处于强迫失踪中，至今这场由中共精心布局的所谓庭审详情仍不为外界所知。
黄琦被羁押后，坚称无罪，并决心以生命抗争当局因自己从事人权工作所遭受的政治迫害。失去自由的黄琦，患有高血压、高尿酸血症、脑积水、慢性肾功能衰竭、肺气肿等多种重病，老母亲为了他的生命安危四处奔走呼吁而多次遭受强迫失踪。黄琦因关注中国人权状况，揭露地方腐败，为遭受迫害的弱者维权而数度入狱，这已经是黄琦第三次因倡导人权及捍卫言论自由而身陷囹圄。