1931年12月16日出生在苏州。父亲彭国彦是江西吉安人，毕业于东南大学政治经济系，江苏省首次文官考试获得头名，后出任吴县县长、江阴县长、邳县县长等，为人耿介清高。母亲许宪民是苏州人，系当地女界名流，曾交叉加入共产党和国民党，性格热情豪爽。1949年共和国成立后，许宪民一度担任苏州汽车公司副经理、民盟苏州市委会、民革苏州市委会委员、市人大代表、市政协委员。父亲希望长女效学班昭，故取名彭令昭。乳名苹男，又名许苹。林昭有一妹彭令范，一弟彭恩华。
大舅舅许金元，曾任中共江苏省青年部长，1927年被国民党杀害，年仅21岁。
小舅舅许润元，在中央税务局工作，1949年前去台湾。
小叔叔彭国珩，中共党员，在清华大学搞学生运动，后随聂荣臻南下，30年代牺牲。
堂舅舅许觉民，原中国社会科学院文学研究所所长，2007年病逝。
有多种资料证实林昭实际生于1931年，属羊。因母亲许宪民嫌属羊不吉利，故意推后了一年，所以一般流传其生年皆为1932年。
1932年 1岁 1932年5月，父亲彭国彦遭遇牢狱之灾，母亲曾抱着五六个月的林昭前往镇江探监，期间林昭重病。因家境突变，林昭幼年体弱多病，林昭多由外婆照顾。
1934年 3岁 母亲许宪民同项坚白、谢玉如等，发起成立“苏州妇女会”，吸收大量女青年参加，进行救亡的宣传和战地救护训练。父亲彭国彦当年9月无罪释放。经历这一坎坷，彭国彦脾气变得十分暴躁，许宪民说他“神经完全变了”。外婆对林昭宠爱无比。
1938年 7岁 母亲信佛，林昭曾跟母亲去灵岩山方丈处，母亲把她放在庙中小住数日。她曾悄悄地对方丈说：“我猜你晚上偷偷摸摸吃肉。”方丈大笑。当年春夏之交，林昭随父母逃亡到长沙。
1939年 8岁 大概就在1938年与1939年之间，冯英子接到许宪民的来信，她说长沙大火后，他们夫妇带着两个孩子退到常德，小的还在吃奶，一家四口行动艰难，因此她决心经由海防，返回上海，再到苏州去。许宪民说只要一息尚存，总是会战斗下去的。1939年底，全家在贵州分道扬镳，彭国彦只身赴蜀，许宪民带着两个女儿于1940年春返回沦陷区。
1940年 9岁 母亲许宪民刚回苏州，即被汪伪特务逮捕，关押于苏州祥符寺巷90号伪特工站。因遭刑罚，致腹中三个月胎儿流产。幸运出狱后，许宪民在兴化国民党江苏省党部任视察，来往苏南各县工作。与此同时，许宪民也受到国民党怀疑，以为她与中共地下党来往密切。国民党三战区负责人冷欣下令逮捕她，她只好在沦陷区到处躲藏，有时深夜回来探望一眼母亲和女儿。这段时间林昭和妹妹由外婆抚育，外婆尽力给体弱的林昭增加营养。
1942年 11岁 母亲许宪民兼任江苏省三区党务办事处督导，指导上海、松江等八县工作。林昭与妹妹仍居苏州外婆家。
1943年 12岁 母亲许宪民以上海贫儿工艺院院务主任的职务为掩护，担任国民党松沪战区三区特派员，后因不堪日寇纠缠而潜逃离职。林昭曾随母亲居上海。
1944年 13岁 母亲许宪民又被上海日本宪兵司令部拘捕，林昭随母亲入狱。获释后，许宪民被送到重庆中央训练团第27期党政班受训。大概就在这一年，林昭曾因病住进同德医院，她的病房就成了地下工作联络点。后来因出了叛徒，病房便被便衣监控，病中的林昭虽如同人质，但仍能机智应对保护母亲及其战友，给人留下深刻印象。
1945年 14岁 母亲许宪民再返沦陷区，在浙江淳安县王艮仲（解放后任国务院参事）主持的“中国建设服务社”工作。10月，冯英子到苏州，又见到了许宪民。那时彭家住在濂溪坊许宪民的娘家，是一幢单开间的平房。冯英子觉得许宪民变化不大，只是好像有点发福了。冯英子从别人嘴里知道许宪民几年间吃足苦头，受尽折磨。林昭父亲彭国彦光复后任中央银行专员。
1946年 15岁 在苏州华关中学（一说萃英中学）读高一。林昭与同学陆震华、陆咸、杨彦蘋等创办了“大地图书馆”，开始以笔名“林昭”写作。当年，母亲许宪民任吴县银行常务董事、吴县妇女会理事长、新苏长途汽车公司副经理，逐步脱离国民党。
1947年 16岁 年初，林昭与一批进步学生办起大地图书馆。与此同时，林宝铨与程伯皋等成立了一文艺团体“文青联谊会”，创办了《初生》月刊，林昭以“欧阳英”为笔名在二、三两期上发表文章。 当年暑假，林昭转学有名的教会学校景海女中读高二，星期天仍回大地图书馆参加活动。母亲许宪民由史良、李文宜介绍，参加地下民盟，任民盟苏州临时工委委员，后在民盟支持下竞选国大代表成功。
1948年 17岁 陆震华证实，当年暑假林昭转学景海后，就在该校教师陈邦幸（中共地下党员）的介绍下，在苏女师支部杨愿老师处加入中国共产党。在景海女中，林昭深受语言老师陈旭赏识，英文也得到奖励，但数学成绩较差。林昭父亲与景海女中校长江贵云相识，希望学校对女儿有所照顾，学校也的确保护了名列“黑名单”的她，并准备送她到美国读大学。
当年春天，吴县中学（今苏州高中）学生唐崇侃等组织了一个“大众读书会”，经常以爬山、郊游等活动为掩护，跑到苏州天平山、狮子山一带去阅读马列毛著作，林昭是这个读书会的积极参加者。
当年秋，母亲许宪民与中共地下党陈伟斯接触，为其提供很多帮助，她还创办了民盟报纸《光明报》。
1949年 18岁 与李璧莹上了国民党苏州城防指挥部的“黑名单”。组织通知她们必须撤离苏州，林昭认为母亲是“国大代表”，不用撤离。从此林昭失去了党籍，这件事成为她后来继续投身革命的“污点”，以至她相当长时间里有沉重的自责心理。
景海女中毕业，父母希望林昭考大学，林昭却渴望早日投身“火热的革命工作”，考取了位于无锡的中共苏南新闻专科学校。深夜离家出走被母亲追回，当年7月1日，在给母亲写下“活不来往，死不吊孝”的字据后，义无反顾投奔革命。在苏南新专填表时，为表现“革命决心”，自作主张将家庭成份填为“反动官僚”，母亲后来得知后很生气。在苏南新专三班学习专业知识仅六七个月，下乡时间就达四个月。
林昭父母本来政见就不尽相同，后来更因林昭产生矛盾。他们在此前后分居，父亲散居苏州。母亲在苏州乔司空巷15号和上海茂名南路159弄11号各有住所。解放后，报纸停办，许宪民被另眼相看，一度无比消沉。父亲彭国彦则生活潦倒，脾气越发暴躁。
1950年 19岁 1至3月，在苏南新专业务学习，新闻学概念、采访与写作、报纸编辑、文艺政策、报业管理、通讯社工作。4月“共同纲领”学习。5月苏南新专毕业，林昭志愿去农村参加土改运动。5月中旬正式下乡。6 月参加全团整风，林昭团员转正。8月，与同学吴萱如在吴县木渎作长诗《望穿眼睛到今朝》。
1951年 20岁 积极争取入党。3月中旬体检，发现肺部有阴影，是第一期肺病。领导让其休息，但林昭认为“我们的战士在前线负伤不下火线”，“这也是战斗的岗位”。1950年5月至1951年5月，共参加四次土改，一次征秋，两次动员参加志愿军，三次发放土地证。10月，土改工作队回无锡集中，林昭因为对个别领导有意见而被点名批评，之后林昭回苏州家中小住。11月，全体队员在无锡东郊工人干校集中进行土改学习。12月21日，省委组织部陈部长在全体会议上公开点名批评林昭，林昭深受打击。
1952年 21岁 被分配到《常州民报》工作。2月初在常州病倒，当年身体虚弱，经常犯病。民报是家私营报纸，林昭担任副刊编辑，以林昭、小昭、高翔等笔名发表了通讯、诗歌、相声等几十篇作品，如《在总路线的阳光照耀下前进》、《走上社会主义光明大道》。民丰纱厂（常州国棉二厂）是她常去采访的基点，率先全面介绍了全国劳动模范徐建华。
当年冬天，父母协议离婚。许宪民带3个子女迁居上海，但她的工作和组织关系仍在苏州。
1953年 22岁 在《常州民报》工作，前后将近两年。《常州民报》撤销后转至常州市文联工作。当年，全国高等院校按照苏联模式进行院系调整，原苏南新专教育长罗列调北京大学中文系任副主任兼新闻专业负责人。领导批准林昭复习参加高考。当年3月5日，斯大林因病去世。同年9月，赫鲁晓夫被选为苏共中央第一书记。林昭为纪念斯大林，一段时间曾在发梢上扎白色丝带。
1954年 23岁 夏天，以江苏省最高分考入北京大学中文系新闻专业。当年8月15日的《解放日报》7至11版《全国高等学校一九五四年暑期招考新生录取名单（华东区部分）》在第十版“北京大学中国语言文学系”新生中有“彭令昭”的名字。因属干部，林昭每月工资25元。入校后，林昭很受人注目，人称“林姑娘”。因常以“林昭”自称，老师和同学们一度不知道她的本名，以后林昭的名字基本代表了彭令昭。
1955年 24岁 参与北大诗社等学生社团。林昭以古、近、今体兼能，诗、词、文俱佳在诗社占得一席，“林姑娘”的美称由此兴焉。北大诗社自当年春天出版月刊《北大诗刊》。林昭当时在《北大诗刊》只是兼职，她同时还在校刊编辑部任职。二年级开学，林昭剪掉辫子烫起头发，穿上时新的衣服。当年，毛泽东发起了对“胡风反革命集团”的批判。经历了一系列政治运动后，林昭渐渐发现自己的爱与恨是一盆浆糊，她在给母亲的信中忏悔道：“他们要我井里死也好，河里死也好，逼得我没办法，写了些自己也不知道的东西，我不得不满足他们……我没存心诬陷你。”她向母亲发誓：“今后宁可到河里、井里去死，决不再说违心话！”
1956年 25岁 秋天，北大党委决定创办一个学生综合性文艺刊物，即后来著名的《红楼》。《北大诗刊》因此停办，并对其编委会成员作了增补，林昭名列其间。这一年创作诗歌颇多。1954年学校迎新舞会上结识谭天荣，从当年夏天起开始叫谭天荣“小弟”，谭天荣称林昭“姐姐”。
当年，母亲许宪民由民盟转入民革。
1957年 26岁 当年春天，毛泽东提出“百花齐放、百家争鸣”，要求各界向党提意见，帮助党整风。5月19日，北大出现第一张大字报。当天傍晚，中文系三年级学生沈泽宜、张元勋贴出长诗《是时候了》。随后，物理系学生谭天荣发表了《一株毒草》、《二株毒草》等大字报，并在广场上发表演说、与人辩论，北大民主活动风起云涌。５月２０日，林昭写了《这是什么歌》的长诗支持张元勋。不久，谭天荣、张元勋、陈奉孝等学生组织成立了“百花学社”，准备创办刊物《广场》。林昭支持《广场》的出版，以笔名“任锋”为《广场》写了《党，我呼唤》一诗，还公开发表其他文章和诗歌，称颂百花齐放、百家争鸣方针在北大得到了贯彻落实。
当年夏天，“反右运动”开始，谭天荣、沈泽宜、张元勋等后来成为北大首批“右派”。林昭系第二批“右派”，她被开除团籍，保留学藉，劳动查看。北大当时有8000师生，共有1500人成了“右派”被开除了公职与学籍。林昭吞服了两盒火柴头自杀，获救后她大声说：“我决不低头认罪！”因态度恶劣，林昭被判劳教三年。罗列老师怜其体弱多病，经常咳血，冒险为之说情，没有发配到西北劳改，而是留校在苗圃劳动，以便群众“监督改造”。
当年8月，林昭在中国青年报实习。8月中旬实习结束回上海，假期病发，咯血甚烈。
12月21日晚上，林昭让张元勋做好被捕准备，并与张元勋互换了家庭地址，商定二人不管经历多少磨难也不能失去联系。12月25日清晨，张元勋因涉及“七人集团”及欲往英国代办处政治避难未果，以“参加反革命集团”被秘密逮捕。1965年12月24日刑满释放，然后留在劳改队“继续改造”。直到1979年11月24日，由北京市中级人民法院宣告平反。
1958年 27岁 春末，好友羊华荣到山区劳动。二人始有书信往来，后林昭发现信件被人拆看，二人联系渐疏。
6月21日，北大中文系新闻专业并入中国人民大学新闻系，林昭在新闻系资料室监督劳动。工作由王前女士（国家主席刘少奇前妻）领导，王女士对她颇为照顾。还有一位同伴是人民大学学生、也戴上“右派”帽子的甘粹。甘粹17岁参加刘邓的二野，随军在四川万县从事群众工作，1955年考中人民大学新闻系。期间，林昭研究《南斯拉夫共产党纲领》，写长诗《海鸥之歌》，改编鲁迅的小说《伤逝》为电影剧本。反复修改长诗《海鸥之歌》，并寄给兰州大学历史系“右派”学生孙和。孙和的妹妹孙复系北大中文系林昭同学，孙和是从妹妹处得知林昭及其《海鸥之歌》，并主动与林昭联系。经孙和介绍，林昭与兰州大学历史系“右派”学生张春元结识。 秋冬之时，院里垒起炼铁小高炉，林昭也参加了值班。每个星期日林昭都起得很早，后来甘粹知道她是去教堂作礼拜。入冬，林昭常生病，有时卧床不起，甘粹为林昭灌开水、打饭、弄炉子，二人感情加深。甘粹星期日陪林昭去教堂作礼拜，林昭给他讲《圣经》，同时会见一些有思想的人。甘粹常给林昭望风或掩护林昭去校外活动。为纪念难友，林昭创作了一首歌《呼唤》，并教甘粹唱。这期间，她时常徘徊于天安门英雄纪念碑前。甘粹劝她不要碰硬，鸡蛋是碰不过石头的。她立刻严正地回答说：“我就是要去碰，我相信成千上亿个鸡蛋去撞击，这顽石最终也会被击碎的!”
7月，北大“右派”同学刘发清毕业到大西北。林昭请他吃饭，鼓励他说自己已经想通了：“这不单是我个人的命运问题，北大划了多少右派？全国有多少？反右斗争还在全国进行，它的性质、它的意义、它的后果、它对我们国家、对历史有什么影响？对我们自己有什么教训？我现在还搞不清楚，但我要认真思考，找寻答案……”
林昭成“右派”后，许宪民也受到冲击，工资由300元减至200元、120元，身心交瘁。
1959年 28岁 当年春天，校方风闻林昭与甘粹在谈恋爱。新闻系党支部警告甘粹：右派不能谈恋爱。林昭得知此事便拉甘粹手去院中散步，始称甘粹为未婚夫。
6月，林昭对甘粹说：“我们不能结婚，这样会害了你。”甘粹认为他可以照顾林昭并使她不会过早出事。甘粹向校方提出结婚，被拒绝。
9月，组织上把甘粹发配到新疆劳改农场。林昭心情恶劣，病情加重。因支气管扩张经常咯血，申请回母亲身边养病。人民大学校长吴玉章批准了林昭的请假要求，母亲许宪民特来北京接林昭回上海养病。临行前与王前女士依依惜别，合影留念。林昭把文稿寄存在北京政协副主席罗青家中，文革开始后，由于害怕惹祸罗将其全部烧毁。
10月，甘粹在到新疆后发现去的地方是劳改队，又逃回上海去见林昭，林昭母亲坚决反对他们的婚姻。礼拜天他们同去乌鲁木齐路教堂作礼拜，一星期后没有户口和任何生活来源的甘粹重返新疆。林昭和母亲、弟弟住上海茂名南路159弄11号。妹妹彭令范工作后经常住宿舍。
上海养病期间，林昭结识兰州大学物理系“右派”研究生顾雁，并通过顾雁再次与兰州大学历史系“右派”学生张春元建立联系。张春元，河南人，志愿军军官，后考入兰州大学历史系，林昭称张是我们时代的主将。顾雁，1935年生，上海南汇县人，1957年毕业于北大物理系，后为兰州大学物理系研究生，1958年沦为“右派”。张春元专程来沪会晤林昭，张回兰州前，林昭将《南斯拉夫共产党纲领》和长诗《海鸥之歌》送给张春元，张春元极为欣赏。后来，张春元、顾雁参照此书，写成《当前的形势和我们的任务》一文，公然提出“要在中国实现一个和平、民主、自由的社会主义社会”，并将林昭的《海鸥之歌》单独油印成宣传资料。张春元提出创办刊物传播思想，顾雁、徐诚等虽然明知这样做会有怎样的后果，但为了中国的前途、民族的未来，还是积极参与其中。
1960年 29岁 是年，中国大地饥荒蔓延，饿殍遍野。在甘肃天水劳动改造的张春元等人凑钱买了一部油印机，油印了首期自办刊物《星火》，其中发表了林昭的长诗《普罗米修士受难的一日》。然后，他们四处搜集各地党政负责人和民主党派负责人名字，企图将一封公开信发送给中共各省（市）委书记，呼吁他们正视恶劣的社会现实和人民的苦难，借鉴参考南斯拉夫模式，努力遏止中共的极左政策。在这封信中，他们明确表示彭德怀在1959年庐山会议上遭到不公正批判、罢官是不正确的，中共应该正视“三面红旗”下的贫困和灾难，“大跃进”是反科学的，否定彭德怀给毛泽东的“万言书”是否定事实，也否定科学、民主，并由此提出“还我民主，还我科学”等口号。结果很快就东窗事发。
当年春天，远在大西北的“右派”同学刘发清正因饥饿而绝望，忽然收到林昭寄来的30多斤全国通用粮票。刘发清回信表示感谢，并认真敦促她“认真改造”。不久，林昭复信说此乃小事一桩，不足挂齿，至于足下所说“认真改造”云云，则“你我都是共坐一条船上的‘旅人’，船若靠岸，我亦可登……”这一时期林昭常住在苏州和父亲在一起，她第一次认真的和不倾向共产主义而崇尚西方法治的父亲平心静气地交谈，醒悟到父辈一代人的追求，对自己的革命热情进行了反思。初夏，张春元、顾雁策划向各位中央委员发信告诉他们全国的工业、农业发生了严重的经济情况。
7月，张春元被捕。
9月30日，与张春元一起劳改的学生、教师39人被捕，支持他们的数十名当地农民一起被捕。同时被捕的还有对他们表示过同情的武山县委书记杜映华。秋天，林昭给张元勋家写信表示问候。张元勋哥哥唯恐其中有诈，要求林昭寄照片一张，不久林昭寄来照片，背面题诗一首。
10月24日，林昭“以阴谋推翻人民民主专政罪”在苏州被捕入狱。先拘留在上海第一看守所，一度亲人音信全无。母亲千方百计想得到一些消息，但多方奔走毫无结果。逮捕时恰好父亲彭彦国进门，他立即变了脸色，口中喃喃道：“我们家完了，我们家完了！”说着踉跄离去。11月30日，他吞食老鼠药自杀身亡。与此同时，顾雁在浦东红桥老家养病时被捕。
1961年 30岁 转入上海静安分局关押。入狱一年多后才有信出来，说亲人可以送一些钱和物品。母亲每次探监都很沮丧，因为得知林昭在里面“表现很坏”。林昭则一次次写信向家人索要白被单，后来才知道白被单被她撕成条条用来写血书。写下组诗《牢狱之花》、《思想日记》等。
5月，与虔诚的基督徒俞以勒同囚一室，她们成了好朋友。俞以勒说林昭经常在狱中高唱革命歌曲，大声要求给囚犯革命的人道主义和合理的待遇。如果狱警不理，林昭会整夜敲打狱门。
12月初， “《星火》反革命集团”案有十几人被判了重刑。其中张春元被判无期徒刑。
1962年 31岁 3月5日，在母亲的努力下，当局同意林昭保外就医。母亲和妹妹彭令范去上海静安分局接林昭，林昭坚决不肯回家，她对母亲说：“你怎么这么天真，他们放我出去仍要抓我进来的，何必多此一举！”林昭拖住了桌子腿执意不走，母亲和妹妹无奈，最后只得请一位朋友家的花匠来，硬把她按上三轮车载回家里。
回家后在亲人照料下情绪渐渐好转，烫了头发，身体也稍胖起来。在家她总要告诉母亲和妹妹狱中和上海第一看守所的事，给她们“表演”反铐180天期间如何处理日常生活，包括洗脸、吃饭和大小便。母亲和妹妹不忍看，林昭说：“真可惜你们不要看我表演，因而丧失了一个机会理解二十世纪的一种特殊生活模式。”母亲和妹妹问林昭为什么要这么多白被单，林昭支吾其辞。当她们看到她手腕部有血迹斑斑的伤痕时，母亲立即把她衣袖拉起来，这才发现其手臂上也全是小的切口疤痕，母亲当时放声大哭。林昭曾对妹妹说：“如果需要，我还是要写血书，因为让血流到体外比向内心深处流容易忍受。”
据妹妹彭令范回忆，林昭当时曾提到说毛泽东在一所审问过她，因许宪民和彭令范都不敢再听下去，林昭也就没有继续讲。在上海保外就医期间，林昭专门到《解放日报》找到原苏南新专三班辅导员胡子衡，问他：“什么是新闻自由？我想办报，你们允许不允许？”还说：“新专什么都好，就是没有教会我们做人不好，害得我们出去老是碰壁！”
3月底，对片警说随时准备重返监狱。曾几次三番打好包裹去公安局门口要求入狱，不让进还静坐，每次都由母亲和妹妹强领回家。林昭说真理在自己一边，不怕把牢底坐穿。从早春起，到顾雁家中探望其亲人，直到再次入狱。她和顾雁的父亲成为忘年之交，顾父系早年留学法国梦想实业强国富民的工程师。林昭再次入狱后，顾雁的哥哥顾鸿将当时家喻户晓的卡斯特罗著作《历史将宣告我无罪》寄给法院，并将“无罪”二字用红笔划出。顾雁的妹妹顾麋则在日记中表达抗议。顾鸿、顾麋因此都被打成“反革命分子”。顾麋认为林昭“对别人富有同情心、爱护心，是个热爱生活、向往幸福的知识女性。”
春天，与好友倪竞雄见面。知道倪在写歌颂人民公社的戏，林昭忍不住告诉她许多人民公社的阴暗面，说内地有的地方大片饿死人。倪竞雄说：“怎么办呢？我们是不满国民党腐败才去参加革命的，难道还能回到过去？”林昭摇摇头说：“你是好人，无论共产党有多少缺点错误，你总以善良的愿望去为它辩解。”从此不再与倪谈这些话题。
7月，致信北大校长陆平，呼吁效仿蔡元培校长，主持公义，营救被迫害的学生，将此信交由户籍警转递上海市静安区法院。同时将此信与平时写的一部诗稿托顾雁父亲暂保存。养病期间写成30万字的《狱中回忆录》，惜后来只存残稿。陈伟斯先生80年代初采访时，在上海公安局静安分局看到一首林昭以手代笔、以血代墨写下的《献给检察官的玫瑰花》，可能是这段时间所作。
母亲为使林昭远离是非之地，将她带回苏州监管。不料，正是在苏州观前街，林昭邂逅在此摆摊卖书的“摘帽右派”朱红，并通过朱红介绍认识另一“摘帽右派”黄政。
夏天，北大好友羊华荣前往苏州会见林昭。林昭明确告诉羊华荣，她不满当前的社会，决心要为自由民主而斗争。羊华荣表示不支持她的任何活动，劝她不要纠缠于是是非非的圈子中。林昭则说：“哀莫大于心死。”临别，林昭赠羊华荣一张自绘的题为《铁窗之花》的书签。
8月29日，初审开庭。林昭在上海出庭后再次返苏。
9月，林昭在苏州与黄政商量并起草了《中国自由青年战斗同盟》的纲领和章程，提出政党、军队、经济、外交等全面改革的八项纲领。林昭还制订了《行动计划》、《初期组织形式》等文件，并为以后联系约定了方式方法。她将给大哥（即张春元）的一封信，以及自制的一些揭露和抨击时政的漫画、卡片等物品托黄政代为保存，并交给黄政一份原北大、兰大“右派”同学的名单和通信处（约七八人）。出于对朱红的绝对信任，黄政一直通过书信将与林昭活动的细节告知远在北京的朱红，并将上述重要文件等收藏在朱红家。通过与林昭的交往，黄政感到林昭是一位才华横溢、文学修养极高、思维敏捷、能言善辩的奇女子，更是一个政治感性强、忧国忧民、满腔激情、敢为国家命运赴汤蹈火的女豪杰。9月，林昭在上海市淮海中路与无国籍侨民阿诺•纽门联系，要求阿诺将《我们是无罪的》、《给北大校长陆平的信》等四篇文章带到海外发表。9月27日左右，林昭为三次传票所迫返回上海。
10月3日，黄政被安置在一家服装厂就业。
11月8日林昭再次入狱，被囚于上海提篮桥监狱，亲人不许探监。
12月，狱方安排林昭去上海精神病院作精神鉴定，院长粟宗华亲自判定她精神不正常。文革中粟宗华因此被指称“包庇反革命分子”，抑郁成疾，含恨而终。
1963年 32岁 6月18日，写《绝食书》。刑事犯张姑娘与林昭关在同一囚室，获得林昭信任。
7月18日，张姑娘释放后，先后到上海顾雁父亲家借书、借钱打探消息。7月27日又前往苏州与朱红、黄政等建立联系，共同起草传单、编印宣传小册子、搞地下印刷机等，继续进行一系列“反革命”活动。
8月8日，林昭从上海市监狱（已经关押8个半月）移拘上海第一看守所。
10月，借秋瑾的断句为韵，林昭血写立志成仁之义的《秋声辞》，又写《自诔》、《血诗题花》。10月3日，黄政被捕入狱，与林昭成了“同案犯”，后获刑15年。据悉，林昭在狱中得知上当受骗后，精神受到极大刺激。
11月24日，林昭写《囚室哀志》。
难友基督徒俞以勒出狱以后，专门到彭令范所在的医院看病，她们相约第二天早晨六点在陕北菜场见面。俞以勒特别强调，林昭写血书，一度纸笔都给没收以后，她就更多的写血书，用牙刷柄在水门汀上磨尖以后刺破血管，用血写在白的被单上。俞以勒说：“林昭很勇敢，但是情况每况愈下。”
1964年 33岁 2月5日，林昭吞食药皂自杀，未遂。
3月，致信审讯者。
9月26日，纸笔被狱方收缴，无法书写，此后一直用血书写。 11月4日，谢绝营养荤菜。11月9日，与狱方谈话不投机，第四次加戴手铐，延续到1965年5月26日才取消。11月10日，以玻璃片割破左腕血管自杀未遂，是日起绝食10日。
12月2日，接到起诉书。12月5日，出庭受审。12月6日，第一封致上海地方长官柯庆施的血书托检察院转送。12月，第一次给《人民日报》写信反映案情并表达政治见解，血书。无回音。12月24日，写对《起诉书的批判》。这一年张春元被枪杀。当年在狱中为怀念“四•一二”中牺牲的舅舅写了一首诗《家祭》。
1965年 34岁 1月5日，索要进食筷子。上海市委书记柯庆施兼任国务院副总理，林昭开始向柯庆施申诉。1月底，有材料说她遭到狱卒施暴，待证实。
2月20日，狱方与林昭谈话。2月21日，早晨开始拒食。2月至3月，第二次给《人民日报》写血书反映案情并表达政治见解，无回音。此信附有一封呼吁书，要求转给正在给非洲人效力的日本律师长野同治和智利记者罗哈斯，希望引起国际正义力量对自己的事业和案情的关注。
3月，血书组诗《血衣题诗》。3月3日，第二封致上海地方最高长官柯庆施的信交出。3月6日，交上血写的绝食书，狱方鼻饲流质，直到5月31日绝食80天，此间天天写血书。到上海第一监狱22个月，仅于1964年11月5日家人送了一回副食品。3月21日，从狱方米汤中闻出米沙尔气味，喝后腹泻，疑心有毒。以后经常因喝米汤腹泻或腹痛。3月23日，林昭开始血书《告人类》。3月25日，身体极为虚弱，以来月经为由要求输液，未允。
4月5日，上午11时喝狱方米汤，5分钟后腹泻，疑心有毒。4月5日，上海地方最高长官、国务院副总理柯庆施发病，9日下午逝世。林昭觉得柯庆施之死含有政治阴谋，以为是因自己的上诉信引起。3月至5月，一个半月没有张口说话。
5月31日，再一次开庭审判，以“反革命罪”被判有期徒刑20年，由上海第一看守所押至上海提篮桥监狱女监。
6月1日，林昭刺破手指，用鲜血写作《判决后的申明》：“这是一个可耻的判决，但我骄傲地听取了它！”《血衣题跋》可能写于当年八九月间。5月至12月，写成《灵耦絮语》18万字。
7月14日至12月5日，第三次给《人民日报》写信申诉案情并陈述政治思想，系统而坚决地批判了“阶级斗争”学说（戏称为“楼梯上打架”的理论）和极权统治，呼吁人权、民主、和平、正义，长达14万字。她在信中一再表示赞同这样的观点：自由“是一个完整而不可分割的整体，只要还有人被奴役，生活中就不可能有真实而完整的自由”，并作了这样的发挥：“除了被奴役者不得自由，那奴役他人者同样不得自由”。在该信中，林昭还写道狱警对她的折磨以及她所做的种种反抗。这是目前流传出来的少数狱中材料之一。
林昭未向亲人透露是否信奉基督教，但她在给《人民日报》编辑部的信以及日记中都写了“主历”，她在信中也经常提到“我的路线，上帝仆人的路线，基督政治的路线”，还有“基督亲兵”、“作为一个基督徒”等等。
1966年 35岁 林昭在提篮桥监狱时，有一次母亲又一次劝她不要给家庭带来无穷无尽的灾难，林昭毫不犹豫地回答：“那也只能对你们不起了，我为真理不惜任何代价！”
5月6日，刚刚刑满释放仍在监督劳动的林昭挚友张元勋偷偷来到上海，以“未婚夫”身份偕同林昭母亲许宪民到上海提篮桥监狱看望林昭。张元勋看到林昭浑身缟素，长发从头顶部扎起一把拖在一边，像京戏中旦角受刑时的打扮，额头用一块白布围住，上用血写了一个“冤”字。二人进行了令张元勋刻骨铭心的交谈。5月，林昭完成《鲜花开放在悲壮的五月》诗稿。
6月，完成《 基督还在世上》长诗。6月8日至27日完成《不是练习——也是练习》长诗。
年底，妹妹彭令范最后一次探监。当年12月，监狱准备为林昭加刑。
母亲许宪民在文革中被批斗、殴打、抄家，并被停发工资，生活一度陷入困境。当年9月，许宪民服利眠灵自杀，后获救。
1967年 36岁 5月1日，正在监督劳动的张元勋再一次偷偷来到上海，偕同许宪民来到提篮桥监狱要求探望林昭。传达室告曰：“监狱已经军管，一切接见停止。”
1968年 37岁 年初，好友羊华荣到上海探望林昭母亲许宪民女士。许宪民谈到小张之事，说林昭得知受骗后精神受到很大刺激，在狱中破口大骂。羊华荣认为林昭为人过于单纯，几次上别人的当。还得知其母把林昭书稿交上海造反派，他们要为林昭平反，后来钱用完了，书稿也丢失了。
4月29日，林昭从有期徒刑20年加判为死刑。她在接到判决书时，留下了最后一份血写的遗书：“历史将宣告我无罪！”当天，林昭被从病床上架起，秘密处决。当时体重不足70磅。
5月1日下午2时，公安人员来到林昭母亲家，说了三句话：“我是上海市公安局的。林昭已被镇压。家属要交5分钱子弹费。”林昭的妹妹彭令范送上5分钱，林昭的母亲许宪民当场昏厥。许宪民万念俱灰，从1972年9月26日至1975年6月14日，又连续9次被儿子彭恩华毒打，多次离家出走。
1975年11月24日，许宪民摔倒在离上海外滩不远的42路终点站附近，由行人送到上海第一人民医院。因是“反革命”，医院不予抢救，第二天逝世。
妹妹彭令范1985年带着二十美金前往美国，后多次回国参加悼念林昭的活动，发表过《我的姐姐林昭》等数篇纪念文章。彭令范毕业于上海第二医学院，从文革到1985年赴美之前，长期在“上海山海关路张家宅地段医院”当内科医生。
出国后，在美国德州达拉斯和霍普金斯大学获两个硕士学位，任约翰•霍普金斯大学医学院研究技术员。现定居巴尔的摩，加入了美国籍。彭令范常在梦中见到血淋淋的亲人，长期饱受忧郁症折磨。在沉默了许多年之后，彭令范以自己家族的经历写作了一本《忏悔录》，但至今未见流传。
林昭弟弟彭恩华早年坚决与家庭划清界线并残酷虐待母亲，后也移民美国，现已身故。
